Der Fachbereich Grundlagen Zivilschutz und Ausbildung erarbeitet Entscheidungsgrundlagen zum schweizerischen Zivilschutz und der Ausbildung im Bevölkerungsschutz. Zu diesem Zweck erstellt er Konzepte, Analysen und Stellungnahmen und führt Projekte durch – dies in enger Zusammenarbeit mit den Kantonen. Im Weiteren sorgt er für die Abstimmung, Vernetzung und Koordination des Zivilschutzes und der Ausbildung mit den fachlichen Stellen auf Stufe Bund und Kantone sowie den anderen Partnerorganisationen des Bevölkerungsschutzes. Dazu gehört auch die Organisation von entsprechenden Informations- und Koordinationsplattformen auf nationaler Ebene. Zudem umfasst der Fachbereich die Projekt- und Geschäftskoordination sowie das Qualitätsmanagement des Geschäftsbereichs Zivilschutz und Ausbildung.

Der Fachbereich Kulturgüterschutz entwickelt Schutz- und Einsatzkonzepte zum Schutz von Kulturgütern. Er stellt den Kantonen Ausbildungsgrundlagen zur Verfügung, führt die Kulturgüterschutz-Ausbildung der oberen Kader von Zivilschutz und Kulturgüterschutz durch und beteiligt sich an Weiterbildungskursen der Stäbe der Armee. Der Fachbereich informiert auf nationaler und internationaler Ebene. In Zusammenarbeit mit den Kantonen und der Eidgenössischen Kommission für Kulturgüterschutz publiziert er das Schweizerische Kulturgüterschutzinventar mit nationalen und regionalen Objekten (KGS-Inventar). Zudem führt er das Mikrofilmarchiv des Bundes und erarbeitet Grundlagen zur Schaffung eines Schutzraums für digitales Kulturgut sowie zur Bereitstellung eines Bergungsorts für die temporäre Aufnahme von bedrohten Kulturgütern (Safe Haven).

Der Fachbereich Bauten erarbeitet die technischen und administrativen Grundlagen für die Erstellung, den Werterhalt und die Weiterentwicklung der Schutzbauten. Er prüft und genehmigt die Projekte für Schutzanlagen und für Kulturgüterschutzräume (bei kantonalen Archiven und Sammlungen von nationaler Bedeutung), entscheidet über die Finanzierung der anerkannten Mehrkosten durch den Bund und überwacht den baulichen Vollzug und die Sicherstellung der Betriebsbereitschaft. Zudem ist er zuständig für die Genehmigung von Gesuchen zur Umnutzung oder Aufhebung von Schutzanlagen und Kulturgüterschutzräumen.

Der Fachbereich Personelles Zivilschutz ist zuständig für die organisatorisch-personellen Belange des Zivilschutzes und die Rekrutierung von Zivilschutzangehörigen. In der Zivilschutzkontrollführung übernimmt er Koordinationsaufgaben in Zusammenarbeit mit den Partnern auf Stufe Bund und Kantone und vertritt das BABS in der Fachgruppe PISA Zivilschutz. Ausserdem erstellt der Fachbereich Statistiken und Auswertungen über die Organisation, Bestände und Einsätze des Zivilschutzes und ist verantwortlich für das Controlling der Zivilschutzdienstleistungen und das Bewilligungsverfahren für nationale Einsätze des Zivilschutzes zugunsten der Gemeinschaft (z. B. bei Sportanlässen).

Die Rekrutierung für den Zivilschutz wird gemeinsam mit der Armee auf den sechs Rekrutierungszentren Payerne, Sumiswald, Monte Ceneri, Aarau, Rüti (ZH) und Mels durchgeführt. Die Rekrutierungsoffiziere des Zivilschutzes teilen die Schutzdiensttauglichen den Grundfunktionen zu, geben Kaderempfehlungen ab und legen Ort und Datum der Grundausbildung fest.

Der Fachbereich Ausbildung Lehrpersonal Zivilschutz stellt die Aus- und Weiterbildung des Lehrpersonals des Zivilschutzes und der Angehörigen des Bevölkerungsschutzes in den Bereichen Pionier, Betreuung, Logistik und Didaktik sicher.

Der Fachbereich Ausbildung Führung und Übungen stellt die Führungsausbildung für Angehörige von Führungsorganen sowie die Aus- und Weiterbildung der Zivilschutzkommandanten, deren Stellvertreter und Führungsgehilfen, den Zugführern sowie der Angehörigen des Bevölkerungsschutzes in den Bereichen ABC- und Kulturgüterschutz sicher.

Der Fachbereich Ausbildung Führungsunterstützung stellt die Aus- und Weiterbildung für Angehörige des Zivil- und Bevölkerungsschutzes in den Bereichen Lage und Telekommunikation sicher. Die Informatik gewährleistet den reibungslosen Betrieb der Netze, der Büroautomation und der IKT-Anwendungen im Seminarzentrum.

Der Fachbereich Seminarzentrum stellt den Unterhalt und Betrieb der gesamten Schulungs-, Verwaltungs- und Gästeinfrastruktur am Standort Schwarzenburg sicher. Er sorgt für eine gute Auslastung der Gästezimmer, Seminarräume und des Restaurants.